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虚拟筛选分子对接-分子对接
构建“爬虫-清洗-对接-落地”全自动化蛋白结构计算管线:1) 定时爬虫并行拉取PDB最新晶体结构与AlphaFold全蛋白质组预测模型,增量更新、MD5校验、断点续传,夜间带宽空闲时段跑满10 Gbps;2) Python层调用PDBFixer、Biopandas与OpenMM,批量去氢原子、去水分子、补全缺失侧链、修复异常二硫键,输出标准PDB或PDBQT,同时生成质量报告(Ramachandran、MolProbity分数)写入MySQL;3) 将净结构与千万级配体库(ChEMBL、ZINC、Mcule)推送至AWS/GCP/阿里云对象存储,触发Serverless函数自动切分任务,Slurm/Kubernetes GPU集群弹性伸缩,调用Vina-GPU、GNINA、DiffDock多引擎并行分子对接,实时回传结合能、RMSD、相互作用指纹;4) 结果经ETL进入数据仓库,BI大屏可视化,对接国家自然基金、重点研发计划及药企合作课题,自动生成英文实验记录、可交付文档与注册申报素材,已在三个科研院所、五个新药发现项目中落地,累计筛选苗头化合物2000+,体外验证命中率提升3.8倍,实现“0-1”科研转化闭环。
医疗健康、云计算
Python、SQL
虚拟筛选分子对接-分子对接
构建“爬虫-清洗-对接-落地”全自动化蛋白结构计算管线:1) 定时爬虫并行拉取PDB最新晶体结构与AlphaFold全蛋白质组预测模型,增量更新、MD5校验、断点续传,夜间带宽空闲时段跑满10 Gbps;2) Python层调用PDBFixer、Biopandas与OpenMM,批量去氢原子、去水分子、补全缺失侧链、修复异常二硫键,输出标准PDB或PDBQT,同时生成质量报告(Ramachandran、MolProbity分数)写入MySQL;3) 将净结构与千万级配体库(ChEMBL、ZINC、Mcule)推送至AWS/GCP/阿里云对象存储,触发Serverless函数自动切分任务,Slurm/Kubernetes GPU集群弹性伸缩,调用Vina-GPU、GNINA、DiffDock多引擎并行分子对接,实时回传结合能、RMSD、相互作用指纹;4) 结果经ETL进入数据仓库,BI大屏可视化,对接国家自然基金、重点研发计划及药企合作课题,自动生成英文实验记录、可交付文档与注册申报素材,已在三个科研院所、五个新药发现项目中落地,累计筛选苗头化合物2000+,体外验证命中率提升3.8倍,实现“0-1”科研转化闭环。
医疗健康、云计算
Python、SQL
AlertEnricher (告警增强器)是一个专门用于增强 Prometheus AlertManager 告警功能的服务-AlertEnricher (告警增强器
AlertEnricher (告警增强器)是一个专门用于增强 Prometheus AlertManager 告警功能的服务。基于实际开发实现,系统具备以下核心能力: 1. **告警接收与处理** - 通过 Webhook 接收 AlertManager 告警 - 告警数据验证和规范化 - 告警信息富化处理 2. **自动化响应** - 基于预定义规则的自动修复 - Kubernetes 资源自动扩缩容 - 告警状态跟踪和记录 3. **多渠道通知** - 钉钉机器人集成 - 邮件通知支持 - 自定义通知模板 4. **监控与可观测性** - Prometheus 指标暴露 - 健康检查接口 - 详细的日志记录 ---
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