InterPro网站抓取程序
1. 立项背景和目标
背景:在生物信息学和蛋白质研究领域,研究人员经常需要从专业数据库中获取蛋白质家族、结构域和功能位点的系统分类信息。EBI InterPro数据库整合了多个蛋白质家族数据库,是重要的生物信息学资源。
目标:开发一个高效、稳定的数据采集系统,能够自动化地从InterPro数据库爬取特定蛋白质家族的全方位信息,包括分类层级关系、结构域重叠情况、相关文献等,为生物医学研究提供数据支持。
2. 软件功能和核心功能模块
核心功能模块:
① 父级数据采集模块
根据用户指定的蛋白质家族名称进行搜索
自动处理分页和翻页逻辑
提取顶级蛋白质家族的accession编号和名称
② 子级数据采集模块
针对每个父级蛋白质家族,获取其下属的所有子分类
处理子级页面的分页机制
建立父子层级关系映射
③ 详情数据提取模块
深入爬取每个具体蛋白质条目的详细信息
提取包括ID、名称、短名称、重叠同源超家族、结构域关系和相关文献等关键数据
④ 数据存储模块
支持Excel和CSV双格式存储
结构化保存爬取结果
支持增量爬取和断点续传
内容平台