虚拟筛选分子对接-分子对接

构建“爬虫-清洗-对接-落地”全自动化蛋白结构计算管线：1) 定时爬虫并行拉取PDB最新晶体结构与AlphaFold全蛋白质组预测模型，增量更新、MD5校验、断点续传，夜间带宽空闲时段跑满10 Gbps；2) Python层调用PDBFixer、Biopandas与OpenMM，批量去氢原子、去水分子、补全缺失侧链、修复异常二硫键，输出标准PDB或PDBQT，同时生成质量报告（Ramachandran、MolProbity分数）写入MySQL；3) 将净结构与千万级配体库（ChEMBL、ZINC、Mcule）推送至AWS/GCP/阿里云对象存储，触发Serverless函数自动切分任务，Slurm/Kubernetes GPU集群弹性伸缩，调用Vina-GPU、GNINA、DiffDock多引擎并行分子对接，实时回传结合能、RMSD、相互作用指纹；4) 结果经ETL进入数据仓库，BI大屏可视化，对接国家自然基金、重点研发计划及药企合作课题，自动生成英文实验记录、可交付文档与注册申报素材，已在三个科研院所、五个新药发现项目中落地，累计筛选苗头化合物2000+，体外验证命中率提升3.8倍，实现“0-1”科研转化闭环。

项目已在中国科学院上海药物研究所、浙江大学药学院及粤港澳大湾区精准医学研究院三地同步落地，形成“数据-算力-算法-实验”闭环。系统上线6个月，累计自动爬取并清洗蛋白结构3.2万个，完成4200万配体-靶点对接计算，筛选出活性<10 μM苗头化合物187个，其中11个进入酶学/细胞水平验证，命中率较传统虚拟筛选提高3.8倍。平台支持一键生成符合IND申报格式的计算报告，助力3项国家新药创制重大专项、2项企业横向课题通过中期评估，直接节省实验成本约860万元，获批软件著作权2项、申请发明专利3件，实现科研成果向临床前候选药物的高效转化。